Ao regressar a Pallet, Ash e Misty reencontram Brock. Deixando Tracey como assistente do Professor Oak, o grupo segue para uma nova jornada, desta vez pela região Johto. Com uma missão do Professor Oak, Ash atira-se de cabeça à Liga Johto e defronta dois Líderes de Ginásio, enquanto adiciona novos amigos à equipa como é o caso dos três Pokémon iniciais de Johto: Chikorita, Cyndaquil e Totodile.