Shinji et Asuka se retrouvent ensemble chez Misato. Les deux pilotes, qui ont subi, une défaite contre Israfel, sont obligés, de s'entraîner ensemble, afin d'améliorer leur synchronisation et leur esprit d'équipe. Mais au contraire, leurs relations se détériorent. Shinji, d'un naturel réservé et timide, a du mal à supporter le caractère expansif et bruyant d'Asuka. De son côté, Asuka ressent Shinji comme un incapable, uniquement bon à la saboter. Toji et Kensuke, rangés du côté de Shinji, voient l'appartement de Misato se transformer en champ de bataille. C'est donc dans des conditions difficiles que les deux nouveaux pilotes, aidés de Rei, vont devoir affronter le 7ème Ange. Celui-ci dispose d'une capacité étonnante: il est capable de se dédoubler pour affronter les deux Evas en même temps.