Avec l'arrêt du troisième Engrenage, les Pactisants gagnent l'accès à l'Engrenage Central, où Yusei rejoint les autres, leur disant la vérité sur Antinomy, et sur la méthode d'invocation Delta Accel Synchro. Ils se dirigent alors vers le centre de la Citadelle, où ils voient de nouveaux engrenages ainsi que le générateur Ener-D appelé l'Engrenage Central, qui fournissait la majorité de la puissance à l'Ener-D Négatif de la Citadelle. Puis, ils entrent au cœur de la Citadelle où Z-one les attend. Ce-dernier révèle qu'il était derrière l'accident Zéro Retour (Zero Reverse), mais aussi derrière les plans de Paradox, afin d'annihiler les monstres Synchro, mais aussi le réacteur Ener-D. Z-one décide alors de régler les choses par un duel, et si Yusei gagne, l'Engrenage Central s'arrêterait de tourner, et la Citadelle disparaitrait vraiment. Yusei accepte le défi, et alors qu'il se prépare à l'affrontement, Aporia apparait, bien que grièvement blessé, et défie Z-one en duel à sa place.
