In einer finsteren Albtraum-Dimension kämpft der titelgebende Black Rock Shooter gegen einen mysteriösen rotäugigen Gegner. In der menschlichen Welt kommt Mato in die Mittelschule und interessiert sich für ihre Mitschülerin Yomi. Die beiden freunden sich schnell an, da sie eine gemeinsame Vorliebe für ein Buch aus ihrer Kindheit hegen.
