FAF 宇宙防卫军团所属的巨型核动力空母“Banshee（女妖）”IV 号机遭到JAM（迦姆）侵染后失控，将所有返航的己方战机击落，并向基地袭来。SAF（特殊战）命令零驾驶雪风将程序员汤姆上尉送上 Banshee，试图夺回这个庞然大物。降落到 Banshee 后，两人随即展开行动。随着调查的深入，零遇到了一系列怪事，更惊恐地发现，JAM（迦姆）竟在复制舰上的人员！阴谋初露端倪，JAM（迦姆）正在利用复制人逐步渗透瓦解 FAF，直到有一天彻底从内部颠覆人类！了解到相关情况的 FAF 决定击毁 Banshee IV，零和汤姆被要求立即撤离。将零送上雪风后，汤姆坦言自己正是一个 JAM（迦姆）的复制人并从容赴死，留下万分惊愕的零独自驾机返航。汤姆死前喃喃自语，“我…是个人类吧。”降落后，零蜷缩在坐舱里开始深思。
