九十九七惠通过妃英理的介绍来到毛利侦探事务所，她拜托小五郎帮她重新调查丈夫著名魔术师九十九元康的死因，一行人来到九十九家中，见到了元康的三个学生真田一三 、三好麻子和白地裕士，简单的照面之后，他们来到元康的死亡现场——地下室，柯南仔细进行现场勘查，发现了电话上一串奇怪的数字，期间，小兰对柯南起了疑心，而暗中观察他，但柯南毫无意识。 破解密码后，元康留下的线索居然是……案件解决之后，小兰找借口把柯南带到了工藤家，并戳穿柯南就是新一的身份，这时，工藤的母亲有希子从美国回来，在她的帮助下，柯南逃过了小兰的质问。 次日，有希子带柯南来到乡下，原来她是受儿时朋友广美所托，来鉴别刚从巴西回来的叔父义房的「真假」，晚上，义房说他早就知道大家的怀疑，并从身上拿出一封恐吓信。 柯南用自己的方式证实了义房身份并未伪造，经过院子的时候，广美和有希子谈起了15年前自己母亲从这里落井死亡的事，突然，柯南看到了木门那边有个可疑人影。当晚，大家轮流洗澡时，去外面加柴的广美发出叫声，她看到了可疑人影，并在古井发现了二妈真知子的尸体，而家里的汽车也莫名被停到了森林。这时，薮内家的律师赶来宣读遗嘱，期间，义房差点被人蓄意设计的十字弓杀死。 柯南向大家分析凶手是有目的的要杀某个人，这时，警察说他们在木柴那里找到了一盒磁带和包有雨衣的凶器，听过磁带之后，柯南揭穿了想要杀死义房的凶手敬子，但当问及真知子的死亡时，敬子却矢口否认，柯南说凶手确实不是敬子而是另有其人，还没待他讲完案件，那个鬼鬼祟祟的墨镜男出现了，他居然是……
