金田一和青梅竹马的美雪一起进入私立中学不动高中，这个诡异的中学里面流传着七个可怕的传说，分别是1、血染之井；2、消失的断手；3、智慧女神；4、第十三个台阶；5、打不开的生物室；6、吊死的银杏树和7、打不开的音乐教室。金田一受学姐樱木类子邀请加入不动高中的神秘现象研究会力图解开这些谜团。可是在接到樱木学姐兴奋的电话告诉他们已经解开谜团之时，金田一和学校警卫在新校舍看到学姐被吊死在旧校舍的生物教室，但当他们赶到之时，却发现生物教室什么都没有，可是第二天一早，在生物教室却出现悬挂着的樱木尸体。凶手怎么能够在这么短的时间内把尸体取下然后从生物教室中逃跑呢？紧接着当天晚上尾上贵裕在查看樱木留下的文件时也不幸死亡，手中还攥着生物教室的钥匙。金田一和美雪从立花手中获得多年前也是因调查校园谜团事件意外死亡的青山千寻留下的笔记和樱木最后留下的一张纸条。然后美雪在试图揭下墙上的海报时也遭人从背后袭击。最后金田一终于从太阳光的反照中获得灵感，找到生物教室密室杀人案件的关键。
