Пройшли десятки років після Ядерної війни. Ті, що вижили, отримали надзвичайні здібності. Головний клан десь в Америці збирає усіх представників кланів, щоб повідомити, що сусідня держава хоче окупувати їх землі і кланам треба об’єднатися проти ворога і перестати битися між собою. Але старійшину вбивають і клани ніндзя повинні боротися за свій шлях по підземному ядерному бункеру, наповненому ордами надприродних ворогів, мутантів і зомбі, що люблять людську плоть.