A terceira temporada começa com uma vítima de canibalismo e a volta de Zack do Iraque. A equipe do Jeffersonian, com a ajuda de Hodgins e suas teorias de conspiração, descobrem sobre uma sociedade secreta de canibais onde sempre haverá um mestre e um aprendiz. O aprendiz é preso e, para evitar denunciar a sociedade, comete suicídio na prisão. Durante a temporada, outras vítimas de canibalismo são apresentadas e descobre-se que Zack substituiu o aprendiz morto e que matou uma das vítimas. Ele faz uma acordo com Caroline (promotora de justiça amiga de Breenan) e é considerado portador de deficiência mental, sendo mandado para uma prisão psiquiátrica. No episódio de número cinco da 4ª temporada temos a volta de Zack, já que sua inteligência é fator crucial para desvendar um assassinato. Durante a investigação, Zack acaba contado para Sweets que nunca matou ninguém e que disse ter matado uma das vítimas de canibalismo para poder ir para a prisão psquiátrica e não para a prisão federal. Como psicólogo e amigo de Zack, Sweets mantém segredo. Durante esta temporada a polícia tenta encontrar Berimbau, ocorre o julgamento do pai de Brennan, e também é apresentado o psicólogo Lance Sweets, que será crucial para o desvendar de muitos casos.
