Na de overwinning van de Saints op Hades raakt Seiya gewond. Hij is verlamd en belandt in een rolstoel zonder enige kans op herstel. Athena's zus, Artemis, de maagdelijke god van de maan en haar tweelingzus Apollo komen met een voorstel: ze kunnen Seiya's gezondheid herstellen maar in ruil daarvoor willen ze de macht over het rijk. Athena accepteert dit voorstel en al snel nemen Artemis en haar "Knights of the Sky" het rijk over. Seiya en zijn vrienden moeten nu vechten tegen Zeus om hun thuisland terug te krijgen. Helaas is dat moeilijker dan gedacht omdat zijn oude bondgenoten Hydra Ichi, Unicorn Jabu en Ophiuchus Shaina zich hebben aangesloten bij Artemis en Apollo.