젊고 총명한 엔자인 윌리 키스(로버트 프란시스 분)는 제2차 세계대전 미국 해군함, 케인호에 배정을 받고 입대한다. 케인호에는 새로운 선장으로 필립 프란시스 퀵 선장(험프리 보가트 분)이 임명되고 케인호는 임무를 수행하기 위해 출항한다. 퀵선장은 예전의 선장과는 달리 케인호의 질서와 명령 체계를 새로 잡겠다는 굳은 의지를 보이며 강력한 통솔력으로 부대를 지휘한다. 그러나, 퀵 선장은 신속한 결단을 내려야 할 때나 위기에 처했을 때, 심한 정신 불안 증세를 보이고 심지어 별로 중요하지도 않은 일을 들추어 부하들을 추궁하는 등 정상인과는 다른 정신 이상증세를 보이기 시작한다. 이를 눈치 챈 부하들은 지휘권 문제를 놓고 의견 차이를 보인다. 그러던 어느날 폭풍우가 몰아치던 날 밤, 케인호를 지휘하던 퀵 선장은 심한 스트레스 증세와 함께 통솔력을 잃고 만다. 이를 보고 있던 스티브 매릭 중위(본 존슨 분)는 퀵 선장의 지휘권을 박탈하고 자신이 케인호를 지휘한다. 그날 밤의 사건을 계기로 '반란' 여부를 둘러싼 재판이 벌어진다. 키스를 비롯해서 스티브 매릭과 톤 키퍼 중위(프레드 맥머레이 분)는 퀵선장의 명령 불복종과 반란을 도모했다는 혐의로 군사 재판에 회부되고 군의관들의 진단 결과나 모든 사항이 그들에게 불리한 쪽으로 기우는 듯하다. 그러나 마지막으로 법정 증인으로 채택된 퀵 선장이 자신의 의견을 옹호하는 증언을 하는 과정에서 또다시 정신 이상 증세를 보임으로써 재판은 결국 스티브 매릭 중위를 비롯한 부하들의 승리로 끝나고 만다.
