Rantarou, Shinbei e Kirimaru sono apprendisti ninja nel Ninja Gakuen, dove quelli di primo grado sono chiamati "Nintamas" (contrazione delle parole ninja+tama (uovo)). Devono imparare tutto ciò che un ninja deve sapere, ma per i nostri eroi sono più interessanti i soldi, il cibo o il gioco. La serie mostra le avventure quotidiane dei nostri eroi, segmentate in modo cartoon, come 2 piccoli episodi in uno show di 30 minuti. Il cast include anche gli insegnanti (Doi-sensei e il crossdressing Yamada-sensei), i nintama kunoichis, i cattivi (Dokutake ninjas) e persino i membri della famiglia di tutto il cast..
