Dawson e Todd terminano di girare finalmente il film, ma la produzione chiede che alcune scene vengano girate di nuovo: Todd si rifiuta, e Dawson viene scelto come regista. Joey nel frattempo cerca Eddie, che è sparito senza lasciare tracce; ritrovandosi a far da babysitter a Harley, la figlia del professor Hetson, scopre con tristezza che Eddie ha lasciato l'appartamento di Boston. Jen intanto inizia a lavorare all'Help-Line, sempre insieme a C.J., e nonostante un'iniziale incertezza, riuscirà a cavarsela bene. Jack sembra aver deciso di fare sul serio con David, e i due si recano insieme a fare il test per l'HIV, che risulta negativo per entrambi; Jack confessa comunque a David che durante l'estate ha avuto vari flirt, storie occasionali, e finalmente si baciano. Pacey infine si trova a pensare a sé stesso, a dover scegliere se proseguire con il suo attuale lavoro o se tornare ad essere il vecchio Pacey; incontra spesso Emma all'acquario ma, per sua scelta, alla fine non sboccia niente con lei. Audrey si ritrova su una spiaggia di Malibu, senza capire come ci sia finita: qui incontra Dawson e dichiara di voler tornare a Boston.
