Natsume est un jeune adolescent qui aime rester seul. Depuis son enfance, il possède le pouvoir de voir les yōkai ce qui n'arrange en rien le contact avec les autres personnes. Il tient ce pouvoir de sa grand mère, Reiko qui, grâce à un carnet, pouvait contrôler tous les yōkai qu'elle avait vaincu et qui avaient alors signé de leur nom une page de son carnet. Aujourd'hui, le carnet étant dans ses mains, Natsume s'est juré de rendre tous les noms inscrits dedans, avec l'aide de Nyanko-sensei, son professeur, et de tous ses amis.
