Sur la planète Abel, les humains et les robots vivent ensembles. Un jour, sur un mystérieux navire de transport, un passager clandestin tente de s’introduire sur la planète, mais il est découvert par Apollo (Hayato Ichihara), un robot à l’apparence humaine, et Mikaru (Aya Ueto), un homme ressemblant à un robot. Le passager clandestin avait en sa possession une puce mémorielle contenant les derniers logiciels de camouflage, ainsi que le mystérieux OS, « Cipher ». Apollo s’approprie « Cipher » pour le plaisir, mais n’a aucune idée dans quoi il met les pieds. Il commence tout d’un coup à se comporter bizarrement, mais Mikaru ignore ce qui ne va pas ou même si c’est « Cipher » qui est la cause de ce changement. Qu’est-ce qu’est exactement « Cipher » ? Quelles sortes de secret détient-il ? Apollon et Mikaru vont devoir percer un mystère qui englobe le passé, le présent et l’avenir pour le découvrir.
