L'équipage du Neptune est diverti par les marionnettes du capitaine et de l'amiral, avec les compliments du professeur Multiple. Multiple reste à bord lorsque le sous-marin part, et ses poupées prennent bientôt vie, remplaçant leurs homologues dans la vie réelle. Seuls Nelson et Crane évitent la capture et la transformation. Multiple se vante que lui et les autres sont tous des marionnettes, créées par des machines du futur qui ont voyagé dans le présent, et ont besoin du Neptune comme nouveau corps hôte. Nelson et Crane peuvent-ils surmonter cette fantastique menace ?