Shredder utilise une machine à remonter le temps pour voyager dans l'ancien Japon en l'an 1583. Il prévoit de vaincre Hamato Koji, l'homme qui a fondé le clan Foot, et le grand ancêtre de Splinter, car si Hamato Koji est vaincu, alors Maître Splinter ne serait jamais né et les Tortues resteraient à jamais de simples tortues.