Sonic et ses compagnons reçoivent un message de Robotnik, par le biais de Bokkun, qui leur transmet les informations qu'il a récoltées sur les véritables objectifs des Métarex avant d'être fait prisonnier par ces derniers. Ils quittent la planète perdue pour l'affrontement final, laissant Shadow derrière eux, mais le hérisson noir s'y rend également, accompagné des Chaotix. Sonic affronte le roi Blanc, pendant que Knuckles et Rouge se chargent du roi Noir. Chris part à la rescousse de Robotnik, mais le savant se libère avec l'aide de ses deux robots. Dark Oak et les deux rois des Métarex se transforment en dragons, puis se lient à une sphère électromagnétique. Ils utilisent la végétation pour riposter et Sonic sauve Amy à temps de la destruction du vaisseau de la hérissonne. Malheureusement, le hérisson bleu se fait prendre en otage par ses ennemis...
