Después de visitar una exposición sobre la evolución de las especies, Flanders y el reverendo Lovejoy presionan a las instituciones para que colaboren en extender la teoría de la creación. Las teorías de Darwin son pronto prohibidas y Lisa acaba encontrándose con que es la única que las apoya. Tras ser descubierta impartiendo clases secretas sobre la evolución, Lisa es arrestada y contará con una ayuda inesperada para defender sus creencias ante el juez.