Han pasado dos años tras los acontecimientos del Galaxy Express 999. La Tierra se ha convertido en un campo de batalla y Tetsuro es convocado una vez mas a subir al 999. Todos los misterios serán revelados cuando Tetsuro embarque en un viaje que le mostrará un secreto tan terrible, que la propia Maetel a duras penas podrá hablar de él.
