In dem Bewusstsein, dass seine Anwesenheit Scully und William nur in Gefahr bringt, verschwindet Mulder wieder einmal - aber wenigstens ist es dieses Mal seine eigene Entscheidung. Ein frustrierter Agent Doggett versucht, Mulder zu finden, damit er seine Ermittlungen gegen den stellvertretenden Direktor Kersh fortsetzen kann, aber Scully und Skinner überzeugen ihn schließlich, den Fall fallen zu lassen. Doch selbst als Scully Agent Doggett und Agent Reyes bei einigen ihrer Fälle hilft, merkt sie, dass William immer noch in Gefahr ist. Als sie erfährt, dass eine religiöse Sekte ihren Sohn töten will, wendet sie sich an die Lone Gunmen. Doch auch sie können nicht verhindern, dass William entführt wird, was Scully zu einer schmerzhaften Entscheidung zwingt. Doch selbst in ihrer dunkelsten Stunde erhält sie die Nachricht, dass Mulder gefunden wurde - und wegen des Mordes an einem Mann, der nicht sterben kann, in einer Militärhaftanstalt festgehalten wird.
