Die Geschichte spielt im Jahr 2027, ein Jahr nach dem Ende des vierten nichtnuklearen Krieges. New Port City leidet immer noch unter den Folgen des Krieges, als es zu einem Bombenanschlag durch eine selbstfahrende Mine kommt. Dann wird ein Militärangehöriger, der in den Waffenhandel mit Bestechungsgeldern verwickelt ist, erschossen. Während der Ermittlungen trifft Daisuke Aramaki von der Abteilung für öffentliche Sicherheit auf Motoko Kusanagi, den Cyborg-Hacker auf Zaubererniveau, der der 501. Geheimeinheit des Militärs zugeteilt ist. Batou, ein Mann mit dem „Auge, das nicht schläft“, vermutet, dass Kusanagi hinter dem Bombenanschlag steckt. Der Detektiv der Präfekturpolizei Niihama, Togusa, verfolgt seine eigenen Doppelfälle, nämlich den Mord bei einer Schießerei und den Mord an einer Prostituierten. Motoko selbst wird vom Chef Kurutsu und Cyborg-Agenten der 501. Geheimeinheit beobachtet.
